甲基化免疫共沉淀测序MeDIP-Seq

MeDIP-Seq, Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing

产品简介

iGeneTech™DNA甲基化免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq, Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing )是使用5`-甲基胞嘧啶抗体富集高甲基化的DNA片段, 之后使用Illumina HiSeq 系列平台进行高通量测序的整体解决方案。

稳定高效的项目流程,21个工作日快速交付;

400ng超低建库起始量,MeDIP抗体特异性≥97%;

数据质量保证,5G clean data,Q30不低于80%;

多样本的覆盖区域重复性好,适用于多样本间的差异分析。

应用领域

医学
医学:阐释疾病的发生发展机制,发现与疾病相关的生物标志物, 以应用于疾病诊断、治疗、预后及用药研究。
动植物
动植物:动植物生长发育、抗病、抗逆机制研究以及育种研究。 同时可实时更新和补充关联信息的完整性。

服务流程

案例介绍

研究目的:使用MBRidge方法研究人类卵巢癌细胞系DNA甲基化与细胞调控的关系。

研究方法:对人类卵巢细胞系T29及其癌症对照细胞系T29H采用MBRidge方法分析两组DNA甲基化谱。 MBRidge是一种在单碱基分辨率水平分析DNA甲基化谱的精确且高性价比的方法,通过将C-羟甲基化连接物和硫酸氢处理引入MeDIP-Seq流程, 检测CpG双核苷酸甲基化水平,并采用岭回归分析数据。

部分结论:通过T29H和T29的两组差异甲基化比较,共鉴定到131790个差异甲基化区域(DMRs), 主要通过致癌相关的通路富集所得。另外通过RRBS测序获得的7567个DMRs,则主要参与细胞发育或分化相关的生物学过程。 对启动子区域的DMRs以及对应基因表达的整合分析表明,DNA甲基化具有基因表达的逆向调节作用, 这一作用依赖于mRNA和lncRNA上甲基化区域近端到转录起始位点的距离。

样品要求

样品类型 样品规格 样品采集/运输
DNA(新鲜/冰冻样品) >1.0μg,浓度>20ng/μl 干冰运输
血液(全血) >1ml EDTA抗凝,2-8 °C冷藏运输
新鲜组织 >500mg 低于-20 °C(干冰)冷冻运输
唾液 >1ml 唾液保存液混合可室温运输,直接收集唾液需冷冻运输
CtDNA >1ml 要求血浆,干冰运输
DNA(取自FFPE) >1.5μ,浓度>20ng/μl 干冰运输
细胞 >8×10 6 去除培养液,PBS清洗1次后液氮速冻,干冰运输
石蜡切片 >5片 10×10mm面积,常温运输,穿刺组织>10片
石蜡包埋块 >1块 不小于1×1×1mm常温运输
单细胞 >8×106 液氮速冻,干冰运输

常见问题

1. DNA甲基化测序如何选择合适的测序方法?

答:目前DNA甲基化测序的主要有WGMS、MeDIP与RRBS. WGMS是全基因组、单碱基分辨率、绝对甲基化水平检测的方法,是DNA甲基化检测的金标准。MeDIP是基于5mC特异性抗体去富集带有5甲基化修饰的胞嘧啶的DNA片段, 也是全基因组覆盖,但无法实现单碱基分辨率(分辨率为150bp左右),只能通过富集peak来判断某一段区域是否存在甲基化,无法得到绝对的甲基化水平, 因此适合于样本间的相对比较。RRBS是简化的、具有代表性的亚硫酸盐测序,通过MspI酶切基因组,选取小片段DNA进行亚硫酸盐处理后上机测序, 以人类为例大约能测得CpG岛40%的CpG、promoter 20%的CpG. iGeneTech™提供以上3种主流的DNA甲基化测序服务。

2. DNA甲基化测序如何选择合适的测序方法?

答:普通WGMS与MeDIP是指全基因组水平上的测序, RRBS则是选择了甲基化程度较高的区域进行测序。 在测序精确度方面,WGMS与RRBS可精确到单个碱基,而MeDIP只精确到100bp左右的甲基化区域,客户可根据自己的研究目的和经费情况选择合适的测序方法。

3. MeDIP需要多少数据量?

答:MeDIP是根据reads形成的peak高低来判断是否存在样本间所在区域甲基化水平的差异。 因此,MeDIP注重reads的数量,以人为例需要50M的reads数。其他物种可根据基因组size大小来定义所需的reads数。

4. MeDIP 测序能能否实现单碱基分辨率的识别?

答:常规的MeDIP无法实现单碱基分辨率。但根据客户需求, iGeneTech™独家采用MeDIP结合Bisulfite treat进行MBRidge的文库制备(MBRidge: an accurate and cost-effective method for profiling DNA methylome at single-base resolution. PMID: 26078362)。 MBRidge能定性化地判别所IP片段中具体的C发生了甲基化修饰。

5. MeDIP-seq的5mC抗体特异性如何评估?

答:5mC抗体特异性是评估MeDIP合格与否的标准指标。 iGeneTech™以Lambda DNA为模板,制备了甲基化和非甲基化的标准品片段,可针对任何物种的DNA进行IP后的5mC抗体特异性评估。 iGeneTech™承诺5mC抗体特异性高于97%.