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艾全外V3肿瘤版Panel

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艾全外V3肿瘤版Panel
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艾全外®V3肿瘤版,在艾全外®V3核心版本基础上,依托卓越的探针设计算法和丰富的基因捕获经验,对肿瘤热点突变区域、融合区域、MSI区域以及HLA区域进行针对性优化,有效保证相关区域的检测需求,形成了一套突显肿瘤基因变异检测的全外显子测序解决方案。

产品特点


● 依据hg38坐标,包括完整的人类全外显子区域,编码基因的设计覆盖度达100%。
● 在变异检出的基础上可分析MSI及TMB,一次捕获得到多种结果。
● 增加641个肿瘤相关基因(尤其是突变热点)的覆盖深度,避免关键基因的漏检,检测全面的同时节省成本。
● 使用TargetSeq One® v2.0液相探针杂交捕获体系,均一性、稳定性更加优异,同时,搭配IGT™ Fast Library Prep Kit v2.0文库制备试剂盒,满足低起始量、低质量样本建库需求。
● 可根据客户需求灵活设计加密或补充添加目标区域(如HRD、HLA、MSI、Fusion等),制成客户专属肿瘤全外检测Panel。了解更多请点击 ☍ TargetSeq®杂交捕获试剂盒定制

 

gDNA阳性标准品突变检出结果


将gDNA阳性标准品(菁良,cat. GW-OGTM800)按照50 ng进行超声打断后, Fast v2.0建库试剂盒构建文库,艾全外®V3肿瘤版探针进行杂交捕获, Illumina NovaSeq 6000 PE150测序,~500X平均深度。

Gene Variant Expected allelic frequency (%) Reported allelic frequency (%)
Sample 1 Sample 2
EGFR L858R 1.0% 0.5% 0.5%
KRAS A146T 1.0% 0.8% 0.9%
NRAS Q61K 1.0% 1.0% 0.4%
EGFR T790M 2.0% 1.6% 1.5%
EGFR ΔE746_A750 2.0% 0.9% 1.6%
FLT3 ΔI836 2.0% 1.9% 1.6%
KIT D816V 2.0% 2.1% 2.5%
KRAS G12D 2.0% 1.9% 1.9%
EGFR V769_D770insASV 3.0% 2.1% 1.6%
EGFR G719S 4.0% 3.3% 2.9%
KRAS G13D 4.0% 3.2% 3.2%
BRAF V600E 7.0% 5.2% 4.8%
PIK3CA H1047R 7.0% 6.7% 7.5%

FFPE标准品突变检出结果


将FFPE标准品(菁良,cat. GW-OPSM003)突变类型为SNV,按照50 ng投入量,将标准品修复后用超声打断仪进行打断,Fast v2.0建库试剂盒构建文库,艾全外®V3肿瘤版探针进行杂交捕获,Illumina NovaSeq 6000 PE150测序,~500X平均深度。

Gene Variant Expected allelic frequency (%) Reported allelic frequency (%)
Sample 1 Sample 2
EGFR L858R 5.0% 4.4% 5.8%
EGFR T790M 5.0% 4.2% 3.5%
EGFR ΔE746_A750 5.0% 2.7% 3.0%
KRAS A146T 5.0% 6.0% 9.7%
KRAS G12D 5.0% 4.9% 4.8%
KRAS G13D 5.0% 2.6% 3.2%
KRAS Q61K 5.0% 5.4% 4.6%
PIK3CA E545K 5.0% 6.7% 6.0%

肿瘤热点区域深度远高于平均值


将gDNA阳性标准品(菁良,cat. GW-OGTM800)按照50 ng进行超声打断后, Fast v2.0建库试剂盒构建文库,艾全外®V3肿瘤版探针进行文库捕获,Illumina NovaSeq 6000 PE150 测序。在~500X的平均测序深度下,热点区域的测序有效深度远高于平均值。

建库可选试剂


UDI接头试剂盒

杂交捕获可选试剂


TargetSeq One V2.0捕获试剂盒

通用封阻序列

捕获磁珠

如果您对我们的产品有任何疑问,可以通过 ☍ 资源中心-支持联系我们,或联系当地客户经理。

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