En

IGT™ UMI Adapter & UDI Primer (for Illumina)

iGeneTech

/
试剂与仪器
/
IGT™ UMI Adapter & UDI Primer (for Illumina)
产品描述
产品详细
数据表现
订购信息

背景介绍


循环肿瘤DNA (Circulating tumor DNA, ctDNA)是一种存在于血浆、血清、脑脊液等体液中的细胞外DNA,大小约为 120~200 bp,是游离DNA (cell-free DNA, cfDNA)中的一种,主要来自于坏死或凋亡的肿瘤细胞、外泌体及循环肿瘤细胞。ctDNA分析可有效克服组织频繁取样难和肿瘤组织异质性问题。但大多数ctDNA的频率低于1%,且会有 10%~50% 的内源标签(比对到基因组上的起始和终止位置相同)一致序列。艾吉泰康®基于自主研发的TargetSeq One®杂交捕获体系,结合双端分子标签(UMI)进行PCR测序随机错误校正,实现高灵敏度和高特异性的ctDNA测序。该技术可广泛应用于癌症早期诊断与癌症分期、肿瘤的疗效评估、复发监测和预后判断等。

产品概述


IGT™ UMI Adapter & UDI Primer (for Illumina)是Illumina平台双端UMI接头产品,包含64种6 bp的UMI接头,可产生 4096 种组合UMI,其多样性足以区分原始DNA分子;UMI序列之间编辑距离≥3,可以更准确地矫正DNA分子在文库构建、杂交捕获和测序过程中产生的错误。接头系统P5和P7端各带有双端唯一的Index,可交叉检验,降低Index错配干扰。

图1. IGT™ UMI Adapter & UDI Primer (for Illumina)文库构建流程

产品优势


1. 高灵敏度
独特接头设计,保证高文库转化率,提高检测灵敏度,可准确检测低至 0.1% 的低频突变。
2. 高特异性
双端UMI矫正技术可过滤掉 99.9% 的背景噪音。
3. 避免Index串扰
双端独特分样序列(Unique Dual Index,UDI),可将交叉污染控制在 0.01% 水平。

投入25 ng的0.1% Horizon cfDNA参考标准品(Horizon HD780)进行建库,使用52 kb大小的Panel进行杂交捕获,NovaSeq 6000平台PE150测序。去冗余前目标区域平均测序深度20000×条件下,已知8个突变位点均能检测到,灵敏度和特异性均为100%(表1)。

表1. Horizon 0.1% cfDNA参考样品的测序数据表现

EGFR L858R EGFR T790M

EGFR

delE746-A750

EGFR V769

-D770insASV

KRAS G12D NRAS Q61K NRAS A59T PIK3CA E545K 敏感性 特异性
0.08% 0.10% 0.09% 0.06% 0.10% 0.12% 0.16% 0.21% 100% 100%

*特异性根据基因组上其它指定位置的碱基检测结果计算


ctDNA低频检测中引入分子标签技术可显著降低假阳性位点识别数量。经过标准去冗余之后,可检测到Horizon标准品中有526个VAF低于3%的突变;结合使用UMI和比对到基因组上的坐标位置对数据进行单链—致序列合并(SSCS去重矫正)后 ,检测到163个VAF<3%的突变;相比之下,使用UMI进行cfDNA分子正负链错误矫正(DCS去重矫正)合并后,仅检测到15个VAF<3%的低频 突变,其中包括8个已知突变位点。使用双端UMI 技术,低频等位基因的识别率与标准去重方法相比降低了97%(图2)

图2. Insert UMI Kit(for ILM)可显著降低背景噪音

试剂盒名称 规格 货号
Insert UMI Kit (for ILM) 5 rxn TINUD-i05
Insert UMI Kit (for ILM) 16 rxn TINUD-i16
Insert UMI Kit (for ILM) 96 rxn TINUD-i96
版权所有: 艾吉泰康生物科技(北京)有限公司
SEO 网站建设: 中企动力 北京