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BisCap甲基化定制产品

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产品介绍


BisCap® Panel是应用BisCap®甲基化捕获技术定制任意已知序列的甲基化检测产品。艾吉泰康依托自身的杂交捕获测序技术,与甲基化测序技术结合,开发了适用于cfDNA等低起始量样本的目标区域DNA甲基化捕获技术BisCap®。BisCap® Panel可用于FFPE样本和cfDNA样本的DNA甲基化检测,适用于癌症早筛、癌症预后标记物检测和肿瘤组织来源等领域的研究。

产品优势


• 适合低起始量样本,如cfDNA

• 自由定义目标区域,方便灵活

• 成本集约,支持多杂捕获

• 单碱基分辨率,分析精准

• 捕获流程高度优化,重复性好

 

BisCap®探针设计理念


针对正负链设计探针,同时对 CG 位点进行双态设计,提高甲基化水平检测的灵敏度。

 图1. BisCap®探针设计理念示意图

产品优势


· 适合低起始量样本,如cfDNA
· 自由定义目标区域,方便灵活
· 成本集约,支持多杂捕获
· 单碱基分辨率,分析精准
· 捕获流程高度优化,重复性好

 

不同大小的BisCap® Panel数据表现优异

 

图1. 不同大小的BisCap® Panel数据表现。实验样本为gDNA,投入量为200 ng,使用艾吉泰康® BisCap Fast Library Prep Kit和Methyl Ada & Index Kit (UDI for ILM)进行文库构建,随后采用25 kb、123 kb、138 kb、11.5 Mb的Panel进行捕获富集,杂交洗脱试剂为艾吉泰BisCap TargetSeq One® kit (Box1+Box2, for ILM),并在Novaseq 6000平台PE150测序。下机数据经过Clean、Mapping后,分析捕获效率和均一性指标。

 

多杂数据数据表现优异

图2. BisCap® Panel八杂数据表现。实验样本为gDNA,DNA投入量为200 ng,文库构建采用艾吉泰康® BisCap Fast Library Prep Kit,搭配艾吉泰康®Methyl Ada & Index Kit (UDI for ILM)完成,BisCap单杂的文库投入量为750 ng,BisCap八杂单个文库投入量为200 ng,随后采用123 kb的Panel进行捕获富集,杂交洗脱试剂为艾吉泰BisCap TargetSeq One® kit (Box1+Box2, for ILM),并在Novaseq 6000平台PE150测序,下机数据经过Clean、Mapping后,分析捕获效率和均一性指标。

1. 构建甲基化文库的DNA投入量为多少?
艾吉泰康构建甲基化文库,DNA投入量要求为20 ng-200 ng。
 
2. 甲基化转化有哪些方法?
甲基化转化主要有重亚硫酸盐转化法(Bisulfite sequencing)和酶转化法(Enzymatic Methyl-seq)。重亚硫酸盐法:将未甲基化的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U),甲基化的胞嘧啶(5mC)保持不变,但重亚硫酸盐的化学反应会破坏和降解DNA,导致DNA断裂和丢失。
酶转化法:基于两步酶促转化,第一步:将5mC和5hmC转变为5caC和5ghmC;第二步:将未甲基化胞嘧啶(C)转变为尿嘧啶(U);酶转化法是一种较为温和的方式,能减少DNA的损伤,但转化效率略低。
 
3. 艾吉泰康的Methyl Adapter(甲基化接头)和Adapter(普通接头)的区别?
Methyl Adapter(甲基化接头)和Adapter(普通接头)不能通用。Methyl Adapter(甲基化接头):对胞嘧啶(C)进行甲基修饰,重亚硫酸盐转化时,甲基修饰的胞嘧啶(5mC)不会发生变化,Methyl Adapter(甲基化接头)序列不变,保证后续甲基化文库的正常测序;
Adapter(普通接头):对胞嘧啶(C)没有进行任何修饰,重亚硫酸盐转化时,胞嘧啶(C)会转化为尿嘧啶(U),扩增后变为胸腺嘧啶(T),Adapter(普通接头)序列会发生变化,影响后续甲基化文库的正常测序,所以构建甲基化文库必须选择甲基化接头,可以根据需求选配艾吉泰康的甲基化接头。
 
4. 构建甲基化靶向文库时,艾吉泰康为什么运用先转化后捕获的技术路线?
构建甲基化靶向文库时,艾吉泰康运用先转化后捕获的技术路线,先构建全基因组甲基化(WGBS)文库,用探针对全基因组甲基化文库进行杂交捕获,重亚硫酸盐转化对DNA会造成损伤,先转化后捕获的技术路线能避免模板多样性的丢失,达到减少DNA投入量的目的,更适合低起始量样本(cfDNA)和完整性较差的样本(FFPE DNA)。
 
5. 甲基化文库构建过程中,如果甲基化修饰的C碱基转化率较低,有哪些原因?
1) 转化后文库被未转化文库污染。
2) 重亚硫酸盐转化模块有效期较短,过期后严重影响试剂盒性能。重亚硫酸盐容易发生氧化,结晶析出,导致重亚硫酸盐溶液浓度降低,影响转化效率。
3) DNA样本投入量过高。
 
6. 甲基化Panel设计原理?
对于甲基化Panel的设计,艾吉泰康采用正负链双态设计原理:
正负链设计:双链DNA的正负链发生甲基化情况并不一样,艾吉泰康对于这种情况,对正负链分别设计探针,能提高甲基化的检出率。
双态设计:当一段DNA中含有多个胞嘧啶(C),并且相连时,艾吉泰康对所有相连的胞嘧啶(C)都发生甲基化和相连的胞嘧啶(C)都不发生甲基化两种状态进行探针设计。
 
7. 艾吉泰康是否支持在甲基化标准品上进行半定制探针?
艾吉泰康可以对探针加密、也可以增加目标区域等来满足客户个性化需求。

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