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TargetSeq杂交捕获定制产品

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TargetSeq杂交捕获定制产品
产品描述
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产品介绍


TargetSeq® Panel是应用TargetSeq®杂交捕获技术定制任意已知序列的探针产品。TargetSeq® Panel可检测SNV、InDel、CNV、STR、Fusion等变异,同时还可应用于外源病毒及病毒整合位点的检测。

TargetSeq® Panel可提供全定制产品和半定制产品。全定制产品是由客户定义整个panel的所有目标区域,半定制产品则是在艾吉泰康已有标准产品上添加其他目标区域或加强部分区域探针。

性能参数


TargetSeq® 探针设计理念


基于热力学稳定性进行 2~3X 叠瓦式设计方案,目标区域覆盖度更好

图2. TargetSeq®2~3X 叠瓦式设计方案示意图和实测覆盖情况示例

针对难捕获区域特殊设计,有效覆盖度更高

TargetSeq® 定制产品可针对高 GC 区域和高重复区域进行探针优化设计,保证难捕获位置良好覆盖,提高变异检出的准确性。例如,艾全外®V3 针对重要的高 GC 区和高重复区进行特殊优化设计,提高产品的覆盖度和均一性。

图2. 艾全外® V3相比同类产品在TERT基因启动子区域,包括核心启动子侧翼区域有着更全面的覆盖。Tert基因启动子区域重要位点 chr5:1295113(GRCh38)和 chr5:1295135(GRCh38) 的覆盖深度显著高出同类产品。

图3. 艾全外® V3相比同类产品在对PKD1基因的外显子有着更全面的覆盖

可按照突变类型设计探针,提高关键变异的检出率

针对不同的变异类型,如 InDel、STR、SV,TargetSeq® 定制产品可提供不同的探针设计方案以提高变异的检出。例如,MSI区域在不同样本中重复数量不一致,采用两端铺放探针的方式,可显著提高目标区域的覆盖度和检出率。

图3. MSI 探针设计思路示意图

♦更多探针方案请联系艾吉泰康技术支持

 

TargetSeq® DNA Panel 数据表现优异

艾吉泰康专注于液相探针杂交捕获技术,目前已完成 800 多款 TargetSeq® Panel 的开发,包含数十个 RNA 捕获、病毒捕获的合作开发经验,不同大小、不同需求的定制探针产品数据指标均表现优异。同时,TargetSeq® 定制产品均可应用到 Illumina 和 MGI 等主流二代测序平台。

图1. 不同探针覆盖大小的 TargetSeq® Panel 数据表现。将基因组 DNA 样本投入 200 ng 进行建库,建库试剂盒为 Fast Library Prep Kit,超声打断,Pre 循环数为 7;将获得的文库投入 750 ng进行后续实验,采用不同大小的 Panel 进行捕获,NovaSeq 6000 平台 PE150 测序。对获得的数据进行质控分析,探针覆盖区域捕获效率均高于 75%,均一性均高于 98%。

TargetSeq® RNA Panel 数据表现优异

艾吉泰康依托自身的液相杂交捕获技术,与转录测序技术结合,推出了RNA杂交捕获测序(RNA CaptureSeq)技术。该技术可在重点关注转录本上,有效解决灵敏度低和成本高的问题。通过杂交捕获感兴趣的基因,以提高目标转录本覆盖深度以及对样本转录组信息的利用率,从而能够更灵敏的检测罕见或低表达转录本。鉴于其优势,RNA CaptureSeq已成功用于富集哺乳动物、植物、真菌、细菌和病毒的基因和转录本等方向的应用。

图11. RNA 靶向测序Panel 对RNA 融合标准品的测试数据。投入融合基因RNA 标准品BCR(E14)-ABL(E2)_P210 Fusion ( 科佰,CBP20031R) 和ETV6-RUNX1 Fusion ( 科佰,CBP20091R) 100 ng 构建文库,使用TargetSeq®Hema Tumor Fusion RNA Panel 进行杂交捕获,NovaSeq 6000 平台 PE150 测序。两例RNA 融合标准品两次重复的数据比对率,捕获效率和覆盖度均稳定优异。

TargetSeq® Panel突变结果检测准确

TargetSeq® Panel 常规建库可检测 1% 以上的突变,不同批次实验重复性好;结合 UMI,可检测低频突变(低至 0.01%)。将肿瘤 FFPE 标准品(GW-OPSM003,SNV 为 5%)投入 50 ng,采用超声打断,Fast Library Prep Kit 和 Ada & Index Kit (SI for MGI) 进行建库,后续采用艾吉泰康泛癌种 Panel 进行捕获,MGISEQ-2000 测序,目标区域平均深度为 308X。8 个已知突变的检出率为 100%,且检出频率与 Horizon 标准品提供的碱基突变频率基本一致。

表2. TargetSeq® Panel的突变检出情况示例。

 

定制周期


定制服务流程


技术支持和售后服务


• 系统技术培训:提供现场或在线的技术说明、全流程技术指导、实验室管理系统培训课程等。

• 专业驻场支持:资深技术工程师提供现场生产及管理指导,一方面提供现场操作指导,同时参与起始投产流程,以保障实验室顺利运行。

• 售后承诺:艾吉泰康® 承诺技术工程师 24 h 内响应客户问题,提供专业指导。

 

 

 

1. TargetSeq定制产品可以对哪些物种进行探针设计?
答:TargetSeq定制产品不仅可以对人源进行探针设计,对动植物及微生物(包括多个物种)等其他物种也可以进行探针设计。非人源时,需要同时提供中文名和拉丁名、参考基因组信息(如NCBI的核酸序列号,或者基因组下载链接);若为多物种,分行列出提供以上信息;微生物建议提供fa格式的DNA序列。

2. TargetSeq定制产品在探针设计时需要提供哪些信息?
答:在Panel设计前,需要客户提供物种、参考基因组和位点信息,或者物种、参考基因组、基因名称、设计的功能区域等信息,详细请见艾吉泰康Panel设计信息单。针对InDel、SV、CNV等特殊变异,艾吉泰康可根据提供的变异信息特殊设计探针,提高变异的检出。
 
3. 捕获效率和目标区域有关系吗?
答:捕获效率受目标区域大小、高GC区域、高重复区域、同源序列、样本保守性等多个因素影响,需要根据物种参考基因组和选点综合评估捕获效率。艾吉泰康基于多因素算法,同时对难捕获区域特殊设计,以提供覆盖度和捕获效率最佳的探针设计方案。
 
4. DNA Panel的探针方案设计是什么样的呢?
答:针对人源panel,TargetSeq® Panel基于热力学稳定性进行 2-3X 叠瓦式设计,同时针对难捕获区域、不同突变类型(如InDel、CNV、STR、Fusion等)进行探针优化设计,提高Panel的均一性和关键突变的检出率。针对动植物产品,艾吉泰康基于自主研发的算法对位点和参考基因组综合评估,同时基于热力学稳定性进行单层探针设计,以提供数据指标优异且开发费用较低的探针设计方案。
 
5. 设计报告的Loci.bed和ProbeCov.bed有什么差异,应该用哪个?
答:艾吉泰康的设计报告中会提供多种bed文件,以满足不同的分析场景。Loci.Bed为目标区域bed文件,可用于目标区域覆盖度、均一度等指标评估及后续目标区域变异分析;ProbeCov.bed是探针覆盖区域的bed文件,可用于评估探针的捕获效率、均一度等性能指标。
例如,目标区域是单点,捕获的序列都是200 bp左右,远远大于目标序列,两种bed文件统计的捕获效率会有较大差异。又或者,探针设计增加补丁序列(Fix patches 和 Novel patches),单个样本中不会覆盖所有型别,两种bed文件统计的覆盖度会有较大差异。
 
6. RNA捕获和DNA捕获的探针设计方案是一样的吗?
答:艾吉泰康在DNA/RNA捕获的探针设计上是有差异的。DNA Panel按照参考基因组和目标区域进行设计,RNA Panel根据转录本进行设计。两者都会对目标序列基于多因素算法设计探针,同时RNA panel还会在每一个外显子边缘增加探针,以提高融合的检出。
 
7. TargetSeq® Panel是否可以检测CNV,需要特殊设计吗?
答:对于几十kb以上的CNV,TargetSeq® Panel可针对全基因组 / 目标区域进行 CNV 骨架设计,根据预期检测的CNV大小按照一定间隔选取高MAF的SNP位点;对于外显子水平(几百bp)的CNV,可对潜在的目标区域进行探针全覆盖等方案。针对不同的场景,艾吉泰康均可提供对应的设计方案,以提高CNV的检出。
例如,艾全外® V3 遗传版在SNP骨架设计时,首先在全基因组范围内间隔100 kb筛选出东亚人群中高MAF的SNP位点,保证全基因组大片段CNV的检出。同时,根据ClinGen筛选含重要CNV变异的基因(如DMD等),这些基因内部按照间隔10 kb筛选SNP位点,并且将外显子附近15 kb区域SNP位点的密度增加至3 kb,以实现重点区域的更高分辨率CNV检测。艾全外® V3遗传版对CNV的检测分辨率在全基因组范围内可达500 kb,加密区(超高密度SNP骨架区域)可达50 kb;但是也可以检出部分非加密区500 kb以内的CNV变异。

8. 目标区域的设计覆盖度是100%吗?
答:艾吉泰康的设计报告中会明确探针覆盖区域及探针未覆盖的目标区域(probeMissed.bed),大多数panel的设计覆盖度可以达到99%以上。探针设计过程中,会对目标序列进行热力学稳定性评估,并对热力学稳定性低的区域进行剂量补偿。但对于GC含量过高的区域,PCR扩增难度大,探针结合难度也大,最终覆盖度较差,在探针设计时会舍弃。同时对高拷贝序列或有较多的同源序列,这样的序列都会被捕获下来,影响捕获效率,也会对这些区域进行取舍。
 
9. 怎样判断TargetSeq® Panel的数据指标是否合格?
答:对于合格的样本,大多数人源DNA panel的指标可以按照Coverage rate(%)>99%、Target reads capture rate(%)>50%、T 20%X coverage rate(%)>97%进行评估,如出现异常情况,可联系艾吉泰康技术支持。动植物定制panel会因为物种、选点、品种差异较大,可根据panel测试结果辅助判断。


 

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