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法医DNA遗传标记多重扩增子靶向捕获测序产品是用于检测DNA遗传标记(主要为STR和SNP)实现个体识别与亲权鉴定的客户定制产品,使用多重PCR反应对客户关注的数百个SNP和STR遗传标记进行扩增和富集,得到扩增子文库,经过测序和生信分析后,得到SNP位点的基因型结果和STR重复的次数,实现个体识别与亲缘关系鉴定(图1)。

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图1 DNA遗传标记多重扩增子靶向捕获测序产品的文库构建流程

特点与优势

DNA分子标记类型

主要为STR和SNP

单个反应检测
分子标记个数

2000个以下

扩增产物长度

gDNA完整度较高样本,扩增产物长度范围为160-300bp
gDNA高度片段化样本,扩增产物长度范围为80-160bp

检测样本类型

血片,唾液,血液,口腔拭子,精液,骨骼等常见法医检材

gDNA起始量

1. STR和SNP位点:最低起始量为100pg,推荐起始量500pg以上
2. MtDNA:最低起始量50pg,推荐起始量200pg以上
3. 支持血片直扩(血片孔径1mm)

文库构建周期和通量

1. 人工构建:96个样本/6.5h/单人
2. 支持自动化工作站,每天的通量可以达到数千个,主要由工作站数量决定

测序平台和读长

1. illumina测序平台,测序读长选择PE300
2. MGI测序平台,测序读长选择SE400

测序数据关键指标

1. 1X覆盖率高于99%
2. 20%平均测序深度的覆盖率(均一性)高于95%

检测突变灵敏度

检测突变频率的灵敏度为1%

定制试剂盒开发周期

25个工作日

 

 

截止到2021年12月,艾吉泰康与国内多家法医研究单位,院校和公司合作,共计开发近30款应用于法医DNA分子标记检测的多重PCR靶向捕获测序试剂盒,检测结果均取得了客户满意的效果。部分试剂盒的数据指标如表2所示,性能指标均达到行业领先水平。

表2 11款DNA分子标记多重PCR靶向捕获测序试剂盒的性能指标

panel
名称

多重反应重数

gDNA起始量

原始数据(Mb)

数据有效率(%)

数据比对率(%)

数据捕获率(%)

1X 测序深度覆盖率(%)

平均测序深度

30X测序深度的覆盖率(%)

20%平均测序深度的覆盖率(%)

Panel 1

120

1ng

145.11

97.3

99.16

88.08

100

5126.41

99.13

97.48

Panel 2

164

10ng

374.09

90.77

91.64

82.35

99.88

5170.74

99.81

96.66

Panel 3

754

5ng

297.85

83.03

88.52

40.07

99.74

926.01

99.48

98.32

Panel 4

371

5ng

224.53

98.25

99.42

99.5

100

2709.97

99.99

99.05

Panel 5

859

5ng

718.79

57.81

52.33

94.56

99.66

2633.6

99.34

96.36

Panel 6

214

5ng

95.72

98.99

99.74

99.48

99.83

2682.18

99.83

98.11

Panel 7

210

5ng

306.95

96.93

97.85

98.66

99.12

6545.39

98.76

95.56

Panel 8

192

1ng

354.12

75.01

70.47

95.84

99.22

4948.24

99.21

97.21

Panel 9

197

1ng

38.83

83.88

98.18

99.32

99.79

823.84

98.36

96.33

Panel 10

19

100pg

19.51

88.12

98.79

92.59

100

3617.62

99.11

98.15

Panel 11

131

10ng

49.81

92.90

98.81

97.95

99.73

2717.76

99.72

98.11

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