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免疫组库

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免疫组库(immune repertoire, IR)是指在某一时间,机体内功能多样性 T 淋巴细胞和B淋巴细胞的总和。免疫组库测序是以 T/B淋巴细胞受体或者所分泌的特异性抗体的核酸序列为研究目标,用多重PCR技术扩增TCR/BCR多样性的互补决定区(CDR3区),再结合高通量测序技术进行组库测序。相较于流式细胞仪等传统检测手段,免疫组库检测灵敏度更高、所得数据更全、操作更简便。可广泛用于肿瘤免疫机制研究,寻找自身免疫疾病标志物,微小残留病监测(MRD),抗体研发,用药及疫苗评估等方向,拥有极高应用价值和广阔的市场空间。
产品内容

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物种

产品名称

扩增区域

AI-TCR-Multi

TCR α链,β链,γ链和δ链

AI-BCR-Multi

BCR重链(H链)和轻链(κ或λ链)

大鼠

AI-IR-Rat-Mult

BCR重链(H链)和轻链(κ或λ链)

小鼠

AI-IR-Mouse-Multi

TCR α链,β链,γ链,δ链
BCR 重链(H链)和轻链(κ或λ链)

产品优势


1. 整体解决方案:依托自主知识产权的MultipSeq多重PCR靶向扩增技术,提供从CDR3的扩增、建库、测序等一系列全方位的服务; 
2. 稳定的测序平台:产品适配Novaseq或华大测序平台,测序策略PE150;
3. 全面深度的研究方法:专门针对CDR3的V区及J区两端设计引物,目的扩增CDR3区域;
4. 产品覆盖全面:TCR产品包含α链,β链,γ链和δ链;BCR产品包括重链(H链)和轻链(κ或λ链);
5. 高保真的扩增技术:采用多重PCR技术,实现不同克隆等效扩增;
6. 多物种产品选择:人、小鼠、大鼠,同时支持多物种免疫组库联合开发。

应用方向


样本类型


全血、新鲜/冰冻组织、FFPE、细胞、骨髓、关节液等

 

 

试剂盒名称 规格 货号
AI-TCR-Multi 16 rxn / 96 rxn AITCRM
AI-BCR-Multi 16 rxn / 96 rxn AIBCRM
AI-IR-Rat-Mult 16 rxn / 96 rxn AIIRRM
AI-IR-Mouse-Multi 16 rxn / 96 rxn AIIRMM

1. BCR的3条链/TCR的4条链是一管测序的吗?
答:目前人的免疫组库产品分为TCR和BCR两个,分别包含4条和3条链,每条链需要单独建库测序。因为在外周血中,95%以上的T细胞表达α和β,γ和δ占比较低,拷贝数有极大的差异,放在1管测序会影响多样性准确性。此外,不同链单独扩增,也可以避免引物之间相互影响。
 
2. BCR的轻链为什么有2条(κ 和 λ)?这两条链是同时存在的吗?
答:根据多肽序列的微小差异,抗体的轻链都可分为 kappa (κ) 型或 lambda (λ) 型。哺乳动物的轻链仅有 κ 和 λ 两种类型。一个天然的Ig分子两条轻链总是相同的,但在同一个体内可存在分别带有 κ 或 λ 链的抗体分子。
 
3. 用DNA还是RNA做免疫组库测序更好?
答:研究目的不同选择不同的模板,DNA水平侧重于研究基因重组信息,RNA水平侧重于研究基因的表达状态。
DNA容易提取且更稳定,且DNA模板分子的数量能反映T/B细胞的数量;但是,DNA样本必须进行PCR扩增来达到足够的测序量,在多重PCR过程中容易引入PCR bias。
RNA 反转录后的cDNA具有免疫特异性,能最大限度地减少参与PCR反应时所需的模板量,排除不必要的和潜在的会影响PCR反应结果的gDNA,但是RNA样本提取难度较高,稳定性差,数据重复性低,此外,RNA模板也不能真实反映T/B细胞的数量。
 
4. 交付的生信分析结果包含哪些内容?
答:分析结果包含VDJ或VJ重排的结果、多样性克隆分布图,以及克隆序列和占比情况。
  
5. 免疫组库测序的最低投入量是多少,灵敏度有多高?
答:一条链最低投入量500ng,灵敏度和投入量有关:

Sensitivity DNA input(pg) Raw data(Gb)
1*10-4 0.5 0.5
1*10-5 4 2
1*10-6 35~40 25

6. TCR和BCR各条链有什么区别?
答:TCR β 链和BCR重链由V、D、J 基因编码的,TCR α链和BCR轻链由V、J基因编码的。目前研究TCR β 链和BCR重链的文章较多。
 
7. 免疫组库测序推荐的数据量是多少,是否需要高数据量测序?
答:推荐起始数据量1-2G raw data/链,如果想关注更多低频克隆,可以加大测序数据量。数据量的增加,主要影响低频克隆,并且这些克隆的排序在一千以上,目前文献中往往只关注top100的克隆和疾病的关系。
 
8. 免疫组库测序范围?
答:CDR3互补决定区是克隆多样性最多的区域,艾吉泰康免疫组库产品针对TCR/BCR的CDR3区进行建库测序。由于完整的CDR区域过长,最常见的PE150测序策略无法测通,后续数据分析无法进行,如果要测CDR全长,需要使用PE300的测序策略,目前艾吉泰康不提供CDR全长测序的试剂盒。

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