新冠病毒全长检测

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新冠病毒全长检测

产品特点

	新冠全长多重试剂盒	新冠全长液相捕获试剂盒
参考基因组	NC_045512	NCBI 17111条病毒全长序列
覆盖率	设计覆盖率为99.93%（设计区域50-29853）	设计覆盖率为99.99%（区域大小510103.60 Kbp）
使用样本	鼻咽拭子、深咳痰液、肺泡灌洗液、肺组织活检标本等	鼻咽拭子、深咳痰液、肺泡灌洗液、肺组织活检标本等
灵敏度	Ct值<38	Ct值<30
分型结果	鉴定 α毒株（B.1.1.7）、β毒株（B.1.351）、γ毒株（P.1）、δ毒株（B.1.617.2）、Omicron毒株（B.1.1.529）	鉴定 α毒株（B.1.1.7）、β毒株（B.1.351）、γ毒株（P.1）、δ毒株（B.1.617.2）、Omicron毒株（B.1.1.529）
测序平台	Illumina & MGI	Illumina & MGI
文库构建周期	4.5h/48 samples	60h/48 samples

发表文章

1. Xu Y, Kang L, Shen Z. Dynamics of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2genome variants in the feces during convalescence. J Genet Genomics. 2020 Oct20;47(10):610-617.
2. Du P, Ding N, Li J. Genomic surveillance ofCOVID-19 cases in Beijing. Nat Commun. 2020 Oct 30;11(1)
3. Pang, Xinghuo & Ren, Lili & Wu. (2020). Cold-chain food contamination as the possible origin of Covid-19 resurgence in Beijing. National Science Review. 10.1093
4. Chen C, Li J, Di L. MINERVA: A Facile Strategy for SARS-CoV-2 Whole-GenomeDeep Sequencing of Clinical Samples. Mol Cell. 2020 Dec7;80(6):1123-1134

新冠全长多重试剂盒的数据表现

高灵敏度。使用新冠全长标准品 (购自菁良基因，货号为 TEST09 )，进行稀释，220 拷贝以上，100X 覆盖率高于 99%；22 拷贝以上，1X 覆盖率都能达到 100%，平均测序深度 1000x 以上，灵敏度高。

表1 新冠全长试剂盒标准品灵敏度的数据表现

样本名称	起始量（拷贝数）	原始数据(Mb)	数据有效率(%)	比对率(%)	捕获率(%)	1X 覆盖率（%）	平均测序深度	100X 覆盖率（%）	20%平均测序深度覆盖率(%)
B01	22000	77.88	95.49	96.94	100	100	2461.28	99.23	93.31
B02	2200	169.35	95.54	95.53	100	100	5325.76	99.21	96.66
B03	220	160.6	75.46	66.18	100	100	3471.37	99.35	96.68
B04	22	212.26	46.43	22.3	100	100	1521.07	98.21	79.77
B05	2	218.76	37.41	8.66	100	98.99	606.28	92.59	80.63