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新冠病毒全长检测

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新冠病毒全长检测
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常见问题

2019新型冠状病毒SARS-CoV-2属于单链RNA病毒,基因组序列全长29903bp。新冠病毒检测是新冠肺炎疫情防控中的重要一环,其检测类型主要包括核酸检测和免疫检测。其中,核酸检出是唯一确诊依据,免疫检测是对核酸检测的协同和补充。
艾吉泰康基于自主知识产权的TargetSeq®液相探针杂交捕获技术和MultiSeq®多重PCR扩增捕获技术,致力于病毒变异监测、低丰度病毒样本检测和宿主溯源等重要问题的解决,目前已推出基于液相杂交捕获技术的新型冠状病毒核酸变异监测试剂盒和基于多重PCR技术平台的新型冠状病毒 SARS-CoV-2 核酸检测试剂盒两款新冠全长试剂盒,助力疫情监测及科学研究使用。

产品特点


 

新冠全长多重试剂盒

新冠全长液相捕获试剂盒

参考基因组

NC_045512

NCBI 17111条病毒全长序列

覆盖率

设计覆盖率为99.93%(设计区域50-29853)

设计覆盖率为99.99%(区域大小510103.60 Kbp)

使用样本

鼻咽拭子、深咳痰液、肺泡灌洗液、肺组织活检标本等

鼻咽拭子、深咳痰液、肺泡灌洗液、肺组织活检标本等

灵敏度

Ct值<38

Ct值<30

分型结果

鉴定 α毒株(B.1.1.7)、β毒株(B.1.351)、γ毒株(P.1)、δ毒株(B.1.617.2)、Omicron毒株(B.1.1.529)

鉴定 α毒株(B.1.1.7)、β毒株(B.1.351)、γ毒株(P.1)、δ毒株(B.1.617.2)、Omicron毒株(B.1.1.529)

测序平台

Illumina & MGI

Illumina & MGI

文库构建周期

4.5h/48 samples

60h/48 samples

 

发表文章


1. Xu Y, Kang L, Shen Z. Dynamics of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2genome variants in the feces during convalescence. J Genet Genomics. 2020 Oct20;47(10):610-617.
2. Du P, Ding N, Li J. Genomic surveillance ofCOVID-19 cases in Beijing. Nat Commun. 2020 Oct 30;11(1)
3. Pang, Xinghuo & Ren, Lili & Wu. (2020). Cold-chain food contamination as the possible origin of Covid-19 resurgence in Beijing. National Science Review. 10.1093
4. Chen C, Li J, Di L. MINERVA: A Facile Strategy for SARS-CoV-2 Whole-GenomeDeep Sequencing of Clinical Samples. Mol Cell. 2020 Dec7;80(6):1123-1134

 

新冠全长多重试剂盒的数据表现


高灵敏度。使用新冠全长标准品 (购自菁良基因,货号为 TEST09 ),进行稀释,220 拷贝以上,100X 覆盖率高于 99%;22 拷贝以上,1X 覆盖率都能达到 100%,平均测序深度 1000x 以上,灵敏度高。

表1 新冠全长试剂盒 标准品灵敏度的数据表现

样本名称

起始量
(拷贝数)

原始数据(Mb)

数据有效率(%)

比对率(%)

捕获率(%)

1X 覆盖率(%)

平均测序深度

100X 覆盖率(%)

20%平均测序深度覆盖率(%)

B01

22000

77.88

95.49

96.94

100

100

2461.28

99.23

93.31

B02

2200

169.35

95.54

95.53

100

100

5325.76

99.21

96.66

B03

220

160.6

75.46

66.18

100

100

3471.37

99.35

96.68

B04

22

212.26

46.43

22.3

100

100

1521.07

98.21

79.77

B05

2

218.76

37.41

8.66

100

98.99

606.28

92.59

80.63

图1. 使用 11 例新冠阳性样本进行测序,平均测序深度均在4000X 以上

图2. Ct 值 34-38,1X 覆盖率所有新冠阳性样本都能达到 100%,均一性高达 97% ,数据指标优异

新冠全长多重试剂盒的数据表现


覆盖率、均一性、平均测序深度等数据指标均表现优异。

图3 新冠全长液相捕获试剂盒的数据表现 :覆盖率都能达到 100%;均一性高达 99%;测序深度 10000X以上

 

试剂盒名称 规格 货号
AI-SARS-CoV-2-Multi Panel 16 rxn / 96 rxn AICMM/AICBM
AI-SARS-CoV-2-Cap Panel 16 rxn / 96 rxn AISCC

1. 新冠试剂盒能测哪些病毒毒株?

答:新冠试剂盒能鉴定市面上绝大部分新冠毒株,包括α毒株(B.1.1.7)、β毒株(B.1.351)、γ毒株(P.1)、δ毒株(B.1.617.2)以及Omicron毒株(B.1.1.529)等。

 

2. 病毒变异快,新冠产品能否鉴定新毒株,保证覆盖率?

我们在设计引物时,已经对数据库中所有的新冠病毒序列进行了比对,为了应对新冠病毒的快速变异,也会针对新型变异毒株进行引物优化。

 

3. 新冠试剂盒可以提供数据分析服务吗?

多重新冠分析流程可以在参考基因组的基础上标记突变位点,生成新的新冠全长序列。液相新冠分析流程可以进行无参拼接,得到序列全长信息。

 

4. 新冠试剂盒检测推荐的数据量和能检测的最低 Ct 值?

新冠多重试剂盒建议0.3M数据,能检测至 Ct 值 37;新冠液相试剂盒建议3G,适合检测 Ct 值小于 30 的样本。

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