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病毒捕获测序

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病毒捕获测序

 

  病毒是目前发现的最小病原体,由于能够诱发细胞癌变,因此属于三种致癌因子之一。病毒诱发人体细胞癌变的主要机制是将自身基因组整合进入人的基因组中引发人基因组的变异。同一种病毒的不同亚型的感染,病毒基因组的突变,以及病毒基因组在人类基因组上整合位置的不同都会对患者的病理进程、治疗效果以及预后产生影响。因此,对于致癌病毒的基因组研究应涵盖亚型识别以及整合位点检测两个方面。然而,传统PCR方法远远不能满足科研工作者的需求,iGeneTech®基于自主研发的液相探针杂交捕获技术具有通量大、灵敏度高等特点,RNA探针可一次性分析HPV/HBV在DNA水平上的整合位点及游离病毒的鉴定分型,对于阐明与病毒相关的肿瘤发生机制具有很重要的科学意义。

 

 

类型

检测亚型

使用人群

AI-HPV-Cap

201种亚型

1. HPV感染的女性

2. 性行为的女性

3. 免疫功能低下、卫生条件差、性保健意识缺乏的女性

AI-HBV-Cap

ABCDEFGH 8基因型5500HBV型别

肝癌以及受HBV侵染的癌症患者

 

 

技术路线

艾吉泰康生物科技(北京)有限公司
 

技术参数

 

样本要求

DNA≥500 ng(浓度≥5 ng/μL)

捕获平台

AI-HBV-Cap、AI-HPV-Cap

测序策略

Illumina PE150

服务周期

15个自然日

 

 
 

文献案例

 

案例一 通过HPV捕获技术全面检测宫颈癌中HPV的整合位点

 

发表杂志:Oncotarget            IF:2.656            发表年份:2016

 

  将人乳头瘤病毒(HPV)DNA整合到宿主基因组中可以诱使宫颈癌相关的驱动基因突变。单碱基分辨率鉴定HPV整合是一项长期的技术挑战,主要是由于HPV在表面体或连接体中的敏感性掩蔽。本研究的目的是使用新策略增强对HPV整合位点精确定位的理解。为此,作者使用HPV捕获技术结合二代测序,研究了47例原发性宫颈癌标本和2例细胞系中HPV的流行情况及HPV基因组在宿主DNA的确切整合位点。共鉴定出117个独特的HPV整合位点,根据HPV亚型划分为:HPV16(n=101),HPV18(n=7)和HPV58(n=9)。观察到HPV16整合位点广泛地分布整个病毒基因组中。此外,HPV16可能经常发生单个或多个整合事件。除22号染色体外,病毒整合位点分布在几乎所人基因组上。所有携带超过四个HPV16整合位点的宫颈癌病例显示出临床诊断为III期癌。并且观察到在整合断裂点处人类基因组和HPV基因组之间共享的重叠核苷酸的显著富集,表明它可能在HPV整合过程中起重要作用。

 

 

 

图1 47例宫颈癌病例中HPV亚型的分布

 

 

图2 25个病例中117个HPV整合位点的染色体定位

 

图2 25个病例中117个HPV整合位点的染色体定位

 

参考文献

Liu Y, Lu Z, Xu R, et al. Comprehensive mapping of the human papillomavirus (HPV) DNA integration sites in cervical carcinomas by HPV capture technology[J]. Oncotarget, 2016, 7(5):5852-5864.