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sgRNA文库合成及CRISPR脱靶检测

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sgRNA文库合成及CRISPR脱靶检测

艾吉泰康生物科技(北京)有限公司

 

  随着基因编辑技术在基础研究、基因治疗、分子育种等多领域的快速推进和应用,如何正确预测、评估和降低脱靶效应的发生,如何对编辑后的脱靶情况进行有效验证和鉴定,成为了困扰众多基因编辑科研工作者的重要课题。iGeneTech®具有专业的设计专家团队和优质的高通量、高保真、高均一性的sgRNA文库合成技术,致力于为基因组编辑领域的科研工作者提供优质、快速和精准的sgRNA设计合成方案,并精准预测脱靶位点,结合具有自主知识产权的捕获技术进行快速、准确和成本集约的脱靶位点鉴定。

 

 

产品优势

艾吉泰康生物科技(北京)有限公司

 

优化的sgRNA设计方案,有效降低脱靶效率:

   专业的设计专家团队,优化的基因组编辑设计方案,使设计出的sgRNA拥有更低的脱靶效率和更高的编辑效率。

文库合成正确率高、性能稳定:

   采用优质的高能通量合成技术,小于1/200的错误率,确保合成的高保真性、高均一性。

脱靶位点鉴定全面、精确:

   脱靶位点多重PCR引物设计成功率大于98%,每个位点测序深度大于10000 X 。

 

技术路线

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服务周期

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服务项目

周期(工作日)

优势

sgRNA文库设计

1

专家团队、免费设计

sgRNA文库合成

15

优质的高通量合成技术、低错误率、高保真度

脱靶位点预测

-

全方位精准预测

CRISPR脱靶检测

15

全面、精确、快速的脱靶位点鉴定

 
 
 
 

文献案例

艾吉泰康生物科技(北京)有限公司

 
 

案例一 CRISPR sgRNA的设计和脱靶搜索工具 CRISPR-offinder

 

发表杂志:International Journal of Biological Sciences    IF:3.873   发表年份:2017

 

  CRISPR/Cas9系统广泛用于基因组编辑,但是这些核酸酶经常会导致不期望的off-target,而sgRNA很大程度上决定了编辑的特异性。华中农业大学与艾吉泰康联合开发了一款用户可自定义PAM的CRISPR sgRNA设计和脱靶效应评估软件--CRISPR-offinder。CRISPR-offinder设计的sgRNAs可以适配满足不同类型的RNA引导的DNA内切酶。该软件程序中包括4个部分:

a、设计sgRNAs,sgRNAs靶位点的长度为15-25nt;

b、PAM需求:默认的PAM和用户自定义PAM,用以确认PAM的序列、方向和坐标;

c、投入参数CRISPR-offinder提供两个选项用于输入基因或基因组序列;

d、非目标搜索参数。

  CRISPR-offinder可以支持任意物种的sgRNA文库设计,不受该物种基因组组装状态的影响。实验表明,对于不同的CRISPR系统,包括最新发现的基因编辑方法,如Cpf1和C2c1,CRISPR-offinder设计得到的sgRNA均能有效降低脱靶效应。

 

艾吉泰康生物科技(北京)有限公司

 

图1 不同基因组编辑系统与CRISPR-offinder软件工作原理图

 

参考文献

Zhao C, Zheng X, Qu W, et al. CRISPR-offinder: a CRISPR guide RNA design and off-target searching tool for user-defined protospacer adjacent motif[J]. International Journal of Biological Sciences, 2017, 13(12):1470-1478.