病原微生物捕获测序
病原微生物捕获测序
微生物和人类的生活息息相关。在和疾病相关的微生物中，抗生素耐药性、致病菌快速进化、毒力基因多态性，都对相关疾病的预防、治疗提出了新的挑战。基于液相探针杂交的基因捕获技术，能够为专注于微生物基因组的某些特定区域，减少研究成本、降低来自宿主基因组或环境中的噪声，在同等数据量下大大增加测序深度，帮助临床和科研工作者们更为快速、准确、低价的获得目标微生物或微生物基因组上特定区段信息，为流行病原检测、特定耐药基因、抗性及毒力基因等的筛查，难分离和提取病原微生物研究等提供基因组学新思路和新方法。
产品优势
|
◇ 信息量大：多种微生物一次性捕获，包括细菌、病毒，以及致病的寄生虫，并且同时检测多种突变信息。 |
|
◇ 检测周期短：高深度测序，测序周期短，快速鉴别不同种类的微生物。 |
|
◇ 高性价比：相比核酸杂交、基因芯片、PCR等检测技术，NGS具有高数据量、高准确性、高灵敏度、高自动化、 低成本等突出优势。 |
|
◇ 灵活定制：根据客户需求进行个性化定制捕获Panel。 |
技术路线
技术参数
|
样本要求 |
DNA>1 μg，浓度25 ng/uL |
|
捕获平台 |
TargetSeq® |
|
测序策略 |
Illumina PE150，数据量根据检测项目决定 |
|
服务周期 |
第一轮测试数据（35个自然日）＋技术服务（15个自然日）=50个自然日 |
文献案例
案例一 直接在临床样本中进行脑膜炎球菌富集及测序
发表杂志：International Journal of Medical Microbiology IF：3.298 发表年份：2018
在英格兰和威尔士，由于使用了抗生素，大约一半的实验室确认的脑膜炎球菌病病例不能产生可侵袭性分离物。本研究证明了使用靶特异性寡核苷酸探针，来捕获和富集血液和脑髓液标本中脑膜炎球菌DNA的能力。进行高通量测序后，在10个样本中有8个样本观察到脑膜炎球菌DNA含量与基因组覆盖率呈正相关。并且，非培养的病菌样本与患者的分离样本分型信息相匹配，配对基因组在索引位点上表现出高度的一致性。以英国的公共卫生脑膜炎球菌样本数量为参考，使用这项技术后，约45%的阳性样本可以进行全基因组测序。
图1 脑膜炎球菌测序数据组装与分析概述
参考文献
Clark S A , Doyle R , Lucidarme J , et al. Targeted DNA enrichment and whole genome sequencing of Neisseria meningitidis directly from clinical specimens[J]. International Journal of Medical Microbiology Ijmm, 2018, 308(2):256.