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目标区域甲基化捕获测序

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目标区域捕获甲基化测序

 

  目标区域甲基化捕获测序是针对客户感兴趣的基因组区域设计定制探针,将探针与基因组DNA序列进行杂交,捕获并富集目标基因组DNA,结合重亚硫酸盐转化处理,利用高通量测序技术进行测序的检测方法。iGeneTech®依托于自身捕获技术开发了BisCap®目标区域甲基化捕获技术,将目标区域捕获与甲基化检测技术完美结合起来。该技术使得对全基因组内感兴趣的目标区域进行高通量、高精度的甲基化检测成为现实,在甲基化组学研究方面提供了一个全方位、稳定、高效、高性价比的技术方法,以满足不同用户的研究需求。

 

 

产品优势

 

高精准性:单碱基分辨率,对感兴趣的基因组区域及相关基因进行研究,并实现目标区域甲基化位点全覆盖。

起始量低:适用于低起始量样本,如cfDNA样本。

灵活定制:任意区域的个性化定制。

高性价比:直接对目标区域进行甲基化捕获,极大降低成本。

 

 

 

技术路线

目标区域甲基化捕获测序
 

技术参数

 

样本要求

BisCap:gDNA≥500 ng(浓度≥5 ng/μL),cfDNA≥20 ng(浓度≥0.5 ng/μL)

捕获技术

BisCap®

测序策略

Illumina PE150,数据量根据检测项目决定

服务周期

30个自然日

 

 
 

文献案例

 

案例一   癌症中DNA甲基化的分析

 

发表杂志:Nature Reviews Clinical Oncology        IF:24.653       发表年份:2018

 

  癌症中的DNA甲基化已被作为诊断、预后以及预测用生物标志物的重要靶标。尽管很多科学研究描述了基于DNA甲基化的生物标记及其在癌症中的临床关联,但这些生物标记中仅有14种被批准获得临床试验。本文中,作者回顾了研究DNA甲基化位点对癌症生物标志物开发的重要性,并详细介绍各种生物标志物的基因组位置和其他相关特征。

    ①定位的重要性:传统上,DNA甲基化研究和基于DNA甲基化的生物标志物研究主要集中于启动子CpG岛的高甲基化对肿瘤抑制基因的影响。然而,即使在单个启动子区域中,并非所有的CpG岛在功能上是等效的。

    ②诊断甲基化标志物:肝细胞癌(HCC)中,GSTP1 的甲基化被认为是一种有前途的诊断标志物,但其特异性水平差异很大(这种特异性是由同一启动子的不同特定部分分析得出的)。

    ③甲基化生物标志物预后:以 GREM1NMDAR2BZAP70 基因为例,说明了该基因甲基化的位置不一样,癌症患者的预后也会不同。

    ④预测甲基化标志物:通过对胶质母细胞瘤患者的MGMT 基因进行甲基化特异性 PCR(MSP)评估,进一步了解了甲基化的特定的模式,鉴定了CpG岛的二核苷酸在转录调控中的重要作用。

 

 

目标区域甲基化捕获测序

 

图1 DNA甲基化生物标志物GSTP1的基因组位

 

 

目标区域甲基化捕获测序

 

图2  癌症生物标志物临床实施的成功率

 

参考文献

Koch A, Joosten S C, Feng Z, et al. Analysis of DNA methylation in cancer: location revisited[J]. Nature Reviews Clinical Oncology, 2018: 1.