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技术平台

TargetSeq液相探针杂交捕获技术

MultipSeq多重PCR扩增捕获技术

目标区域甲基化捕获技术

AIdesign探针/引物设计平台

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动植物目标区域测序

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动植物目标区域测序

 

  目标区域测序是针对研究者感兴趣的基因组序列,通过定制目标区域的探针/引物,与基因组进行杂交/扩增,将目标区域DNA富集后进行高通量测序的研究方法。iGeneTech®动植物目标区域捕获主要依托于自主研发的液相芯片捕获(TargetSeq®)和多重PCR扩增(MultipSeq®)两套核心技术。

  iGeneTech®多重PCR扩增子技术(MultipSeq®)采用两步PCR扩增方法来完成目标区域扩增及富集的目的,是一种目标区域高通量测序技术。扩增子测序具有操作简便、模板要求低、捕获效率高、应用灵活、价格低廉、分析简单等优点。利用高深度测序,多重PCR扩增子测序可以检测全基因组测序、外显子组测序不能涵盖的,复杂样品中的超低频突变。

  iGeneTech®液相杂交捕获技术(TargetSeq®)基于热力学稳定性算法对目标区域基因组进行探针设计,然后合成出有效的特异性探针,进而与基因组DNA进行液相杂交,将目标区域序列进行捕获并富集后,使用主流的测序平台进行高通量测序。该技术适用于基因组大区域、长片段、CNV突变及基因融合事件的检测,并且支持多个物种、任意区域的设计。通过对大量样本的目标区域研究,有助于发现和验证疾病相关的目标基因和关键位点。

 

 

产品优势

 

针对性强:对关注的连续区域或特定SNP位点进行捕获测序。

精准度高:高深度测序保证了更准确的测序结果。

效率更高:基于二代测序技术平台,更高速、高效。

定制化服务:按需定制高性价比Panel,可提供试剂盒定制与科技服务。

成本优势:只针对目标区域测序,大大降低了研究成本。

 

 

技术路线

技术参数

 

样本要求

DNA≥1 μg(浓度≥25 ng/μL)

捕获平台

TargetSeq®、MultipSeq®

测序策略

PE150,数据量根据检测项目决定

服务周期

TargetSeq®:第一轮测试数据(35个自然日)+技术服务(15个自然日)=50个自然日
MultipSeq®:第一轮测试数据(30个自然日)+技术服务(15个自然日)=45个自然日

 

 

文献案例

 

案例一 玉米突变体库开发和测序

 

发表杂志:Molecular plant     IF:9.326    发表年份:2017

 

  该研究首先通过乙基甲酸盐(EMS)处理B73获得玉米突变体库,然后利用外显子捕获测序技术来检测突变位点在基因中的位置,分析这些位点对基因造成的影响,从而得到了大规模的玉米突变体遗传变异信息。通过对1,086个M1突变株进行测序,鉴定出195,268个由CG变为TA的点突变和4,610个InDel,包括启动子及终止子的获得或丢失、剪切位点突变、各种非同义的蛋白质突变等。这些突变都是潜在的导致蛋白发生变化的突变。经分析发现,这些突变分布在32,069个基因上,覆盖了82%的玉米蛋白质编码基因;且平均每个突变株有180个突变位点,平均每个基因就含有6.1个这种能导致基因编码的蛋白发生改变的突变位点。另外,在14,101个基因的起始密码子、终止密码子的突变或错误剪切位置鉴定到多达27,214个突变位点,其中6,232个基因携带至少两个这样的突变。该研究为下一步深入挖掘玉米基因组中的优异基因并对其进行功能解析提供了快捷的方法和思路,为玉米的遗传改良提供了宝贵资源和更多的可能。

 

 

图1 1086个EMS突变株中CG>TA突变(MAF % 0.05)分布、功能注释和基因覆盖情况

 

参考文献

Lu X, Liu J, Ren W, et al. Gene-indexed mutations in maize (Zea mays)[J]. Molecular Plant, 2017, 11(3).