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动植物基因组重测序

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动植物基因组重测序

 

  动植物全基因组重测序主要是根据高通量测序技术对生物体不同个体或群体的基因组进行测序,并与已知的参考基因组比对进行差异分析,获得大量遗传变异信息,应用于种群遗传多态性分析、进化分析、功能基因挖掘、育种等研究领域。

 

 

产品优势

 

检测区域大:全面获得基因组的变异信息。                    精准度高:二代测序保证了更准确的测序结果。

效率更高:基于二代测序技术平台,更高速、高效。        检测范围广:可一次性获得SNV、InDel、SV、CNV等变异信息。

 

 

 

技术路线

动植物基因组重测序
 

技术参数

 

样本要求

DNA≥3 μg(浓度≥25 ng/μL)

测序策略

Illumina PE150,数据量根据检测项目决定

服务周期

14个自然日

 

 
 

文献案例

 

案例一 汗蜂社会性行为的遗传基础

 

发表杂志:Nature Communications       IF:12.4      发表年份:2018

 

  法国的汗蜂有两种生活模式,一种是生活在较冷地区的汗蜂,雌蜂没有助手;另一种是生活在较暖地区的汗蜂,雌蜂有一个助手。为了研究这种行为模式的差异,作者首先从头组装了一只雌蜂的基因组,然后对150个个体进行全基因组重测序。通过关联分析,发现8个区域的194个SNP存在基因组水平上的显著差异。其中,最显著差异的7个SNP富集在ASD相关的基因Syx1a上。该基因已经被证明和突触融合蛋白有关,并且在其他物种中已经发现和社会性行为密切相关。从而证明该基因是汗蜂的社会性行为的重要遗传因素。

 

 

动植物基因组重测序

 

图1 社会行为及其基因组位置相关的SNP

 

动植物基因组重测序

 

图2 syx1a 位点调控SNPs的功能效应

 

参考文献

Kocher S D, Mallarino R, Rubin B E R, et al. The genetic basis of a social polymorphism in halictid bees[J]. Nature communications, 2018, 9(1): 4338.