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【产品上新】艾吉泰康单链DNA建库试剂盒,肿瘤早筛又添建库利器

【产品上新】艾吉泰康单链DNA建库试剂盒,肿瘤早筛又添建库利器

  • 分类:企业新闻
  • 作者:
  • 来源:
  • 发布时间:2022-08-16
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【概要描述】

【产品上新】艾吉泰康单链DNA建库试剂盒,肿瘤早筛又添建库利器

【概要描述】

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2022年8月,艾吉泰康®全新单链DNA建库试剂盒IGT™ ssDNA Library Prep Kit重磅上市。此试剂盒可用于1 ng~50 ng DNA起始的甲基化文库和基因组文库构建,所构建的文库可进一步用于目标区域杂交捕获测序,或直接测序。在甲基化文库构建过程中,重亚硫酸盐处理会导致严重的DNA损伤、片段化、解链,另外,低质量或严重降解的DNA中也含有大量的DNA单链。IGT™ ssDNA Library Prep Kit可以对单链DNA进行接头连接,大幅提高DNA原始分子的利用率,提高文库的复杂性,在低起始量样本的甲基化文库和基因组文库构建中具有显著的优势。

背景介绍

DNA甲基化,一般指的是DNA上的5-甲基胞嘧啶(5mC)修饰,是DNA上丰度最高的表观遗传修饰,也是目前研究最广泛的表观遗传修饰之一。正常细胞和肿瘤细胞的DNA甲基化状态存在很大差异。例如,在正常细胞中,位于很多抑癌基因启动子区的CpG岛处于较低甲基化状态,而在肿瘤细胞中,这些区域的CpG岛被高度甲基化,抑癌基因的表达下降[1]。往往在肿瘤发生的早期就能检测到甲基化的变化,因此DNA甲基化具有作为肿瘤早筛生物标志物的潜力。另外,DNA甲基化具有显著的组织特异性,可以通过检测DNA甲基化的状态进行组织溯源。

图1. DNA甲基化水平在肿瘤细胞和正常细胞中的表现[1]
然而,癌症早期ctDNA在体内丰度较低,目前游离核酸的DNA甲基化检测存在以下技术难点,即胞嘧啶转化率和原始DNA分子的利用率。Bisulfite处理能够得到稳定且高效的胞嘧啶转化率,但是对于传统的Pre-BS建库,即先对双链DNA连接接头,再进行Bisulfite处理,由于Bisulfite处理会造成严重的DNA损伤和断裂,大部分已经连接上接头的DNA分子由于断裂而无法被扩增,导致原始DNA分子的利用率较低,严重限制了其在cfDNA上的应用。
Post-BS建库策略可以两者兼顾,同时得到极高的胞嘧啶转化率和原始DNA分子的利用率。艾吉泰康基于Post-BS建库策略,推出一款通用型单链DNA建库试剂盒IGT™ ssDNA Library Prep Kit,即先对DNA进行Bisulfite处理,再进行接头连接,使得由于Bisulfite处理而断裂的DNA分子仍然能够连接上接头而被利用起来,大幅增加文库的复杂度以及数据有效性,尤其适用于起始量极低的cfDNA等样本。

IGT™ ssDNA Library Prep Kit的甲基化文库建库流程


图2. IGT™ ssDNA Library Prep Kit的甲基化文库建库流程

  • 产品优势

适合于cfDNA 、FFPE DNA等低起始量样本,建库起始量可低至1 ng;

甲基化文库构建流程中,采用Post-BS建库策略,大幅提高DNA模板的利用率;

可有效提高文库复杂度,增加测序有效数据;

兼容全基因组甲基化测序、目标区域甲基化测序、全基因组测序和目标区域杂交捕获测序。

甲基化文库测序数据展示

  • 不同起始量样本的表现

IGT™ ssDNA Library Prep Kit搭配BisCap®杂交体系,适用于不同起始量样本,数据表现优异。

图3. IGT™ ssDNA Library Prep Kit试剂盒不同投入量的捕获数据表现。分别投入1 ng、5 ng、20 ng cfDNA(样本为NA12878细胞系gDNA,超声打断模拟cfDNA)进行单链建库,文库构建采用 IGT™ ssDNA Library Prep Kit 和 IGT™ ssDNA Adapter & UDI Primer (for Illumina),使用123 kb的Panel进行捕获,NovaSeq 6000 平台PE150测序,测序数据量平均为1.8 Gb。

  • 极高的胞嘧啶转化率

IGT™ ssDNA Library Prep Kit在文库构建时,采用Bisulfite法进行转化,胞嘧啶转化率在99.2%以上。


图4. IGT™ ssDNA Library Prep Kit试剂盒不同投入量样本的转化率表现。分别投入1 ng、5 ng、20 ng cfDNA(样本为NA12878细胞系gDNA,超声打断模拟cfDNA)进行Bisulfite转化建库,文库构建采用 IGT™ ssDNA Library Prep Kit 和 IGT™ ssDNA Adapter & UDI Primer (for Illumina),使用123 kb的Panel进行捕获,NovaSeq 6000平台PE150测序,测序数据量平均为1.8 Gb。

  • DNA原始分子利用率高

在相同测序数据量下,单链建库的投入量仅为双链建库投入量的1/10,单链建库的去重后有效深度更高。


图5. IGT™ ssDNA Library Prep Kit和双链DNA建库试剂盒的有效深度表现。样本为NA12878细胞系gDNA,分别投入5 ng、20 ng、50 ng 、200 ng进行建库,其中5 ng、20 ng文库构建采用 IGT™ ssDNA Library Prep Kit和 IGT™ ssDNA Adapter & UDI Primer (for Illumina),50 ng、200 ng 文库构建采用 IGT™ Methyl Fast Library Prep Kit v2.0 和 IGT™ Methyl Adapter & UDI Primer (for Illumina),使用123 kb的Panel进行捕获,抽取1 Gb数据进行有效深度分析。

  • 文库捕获后的甲基化水平重复性表现优异

IGT™ ssDNA Library Prep Kit搭配BisCap®杂交体系,重复样本间的甲基化水平一致性优异。
A:

B:

C:

图6. 单链DNA建库试剂盒,不同DNA投入量的甲基化水平重复性。分别投入A:20 ng,B:5 ng,C:1 ng cfDNA(样本为NA12878细胞系gDNA,超声打断模拟cfDNA)进行单链建库,文库构建采用IGT™ ssDNA Library Prep Kit 和 IGT™ ssDNA Adapter & UDI Primer (for Illumina),使用123 kb的Panel进行捕获,NovaSeq 6000平台PE150测序,分析同一样本在不同批次捕获实验中CpG位点的甲基化水平重复性。

  • 单链文库和双链文库的甲基化水平一致性表现优异

单链文库检测到的甲基化水平和双链文库甲基化水平高度一致, R2达到了0.99。

图7. 双链建库和单链建库技术的甲基化水平相关性。投入20 ng cfDNA(样本为NA12878细胞系gDNA,超声打断模拟cfDNA) 和200 ng (样本为NA12878细胞系gDNA)进行超声打断建库,20 ng投入量样本的文库构建采用 IGT™ ssDNA Library Prep Kit 和 IGT™ ssDNA Adapter & UDI Primer (for Illumina),200 ng投入量样本的文库构建采用IGT™ Methyl Fast Library Prep Kit v2.0 和 IGT™ Methyl Adapter & UDI Primer (for Illumina),使用123 kb的Panel进行捕获,NovaSeq 6000 平台PE150测序,在相同的测序深度(1000×)下,分析单链建库和双链建库技术的甲基化水平相关性。

产品信息

参考文献

  1. Manel Esteller. Cancer epigenomics: DNA methylomes and histone-modification maps[J]. Nature Reviews Genetics volume, 2007, 8, 286-298.

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