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喜讯!艾吉泰康联合创始人屈武斌发表新冠病毒引物设计新著作

喜讯!艾吉泰康联合创始人屈武斌发表新冠病毒引物设计新著作

  • 分类:企业新闻
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  • 发布时间:2022-05-09
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艾吉泰康联合创始人屈武斌以第一作者兼通讯作者的身份在Methods in Molecular Biology系列书籍《PCR Primer Design(第三版)》发表了题为“PCR Primer Design for the Rapidly Evolving SARS-CoV-2 Genome”的文章,该书籍已于2021年11月14日正式上市。这是屈武斌继在2015年《PCR Primer Design(第二版)》发表的题为“Selecting Specific PCR Primers with MFEprimer”后的又一力作。

PCR技术是许多常用新冠病毒检测的技术基础,例如通过实时定量PCR进行快速检测,通过多重PCR进行全长测序和变异追踪。新冠病毒快速进化带来的新发变异,为以PCR为基础技术的检测方法带来了风险。关键原因是新发变异如果位于引物结合位点上,则极大可能导致PCR扩增失败。为了适应新冠病毒的快速进化,保证检测的可靠性。屈武斌在该文章中,以新冠病毒为例,提出了一套针对快速突变物种的引物设计方案:
通过样本基因组序列与参考基因组进行比对分析(传统二代分析思路),来识别SNP和InDel;

1. 设计避开突变位点的引物;

2. 使用每日更新的新冠病毒数据库来检查引物的覆盖率;

3. 如果在引物结合位点发现了新的突变,需要及时重新设计引物。

注意:这套引物设计方案,适用于快速进化的物种,但这种变异占比需要局限在一定的比例,该比例和分析变异的分析流程相关。

文章信息


1. Qu W., Li J., Cai H., Zhao D. (2022) PCR Primer Design for the Rapidly Evolving SARS-CoV-2 Genome. In: Basu C. (eds) PCR Primer Design. Methods in Molecular Biology, vol 2392. Humana, New York, NY. https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1799-1_14
2. Qu W., Zhang C. (2015) Selecting Specific PCR Primers with MFEprimer. In: Basu C. (eds) PCR Primer Design. Methods in Molecular Biology, vol 1275. Humana Press, New York, NY. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-2365-6_15

作者信息


艾吉泰康联合创始人屈武斌为国际知名引物和探针设计专家,长期致力于寡核苷酸分子杂交特性的理论建模,PCR 引物及探针特异性与敏感性的分析与预测。曾主持国家自然科学基金项目《多重 PCR体系的计算机仿真》,发表了多篇该领域内的相关 SCI 论文,影响因子累计超过50,领衔发表了高通量引物设计专著《PCR Primer Design》(第二版、第三版),公开发表的PCR引物设计与评估软件MFEprimer已在全球几百家机构中广泛使用。

艾吉泰康的新冠病毒解决方案


艾吉泰康现有针对杂交捕获和多重PCR两套不同的新冠病毒全长检测解决方案,可进行病毒序列变异分析,覆盖所有突变株种类,适用于新冠全长测序、突变检测、病毒溯源等多个领域。相关试剂盒已经获得欧盟IVDD CE认证,并获得了由荷兰CIBG当局签发的体外诊断试剂注册许可,获得欧盟准入资格。

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