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文章二连发|艾吉泰康助力年初北京新冠疫情综合研究

文章二连发|艾吉泰康助力年初北京新冠疫情综合研究

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  • 发布时间:2022-05-06
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文章二连发|艾吉泰康助力年初北京新冠疫情综合研究

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在10月23日,《国家科学评论》杂志在线发表了针对北京6月的新发地相关新冠疫情的回溯性研究,通过流行病学调查、高通量测序等技术方法确认了新发地疫情的源头是冷链运输的进口商品。艾吉泰康提供了新冠病毒捕获试剂盒。

仅一周后,10月30日,中国科学家在《自然~通讯》杂志发表了春节到春季期间北京的第一波新冠疫情的相关研究。通过对102个比较完整的新冠病毒基因组的详细分析,科学家重建了北京确诊的593个病人所感染的新冠病毒的来源和演化轨迹。北京地区流行的新冠毒株可以分为七个类群,包含武汉输入、本地流行、国外输入三大类。并通过突变分析揭示了新冠病毒对突变有较强耐受能力的重要事实。艾吉泰康在本研究中提供了用于富集病毒的基因捕获试剂盒。

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在本研究中,一共纳入了273个病人,占同时期北京全部感染人数的46.0%(273/593)。通过对咽拭子、唾液、排泄物等样本的收集,共得到178份样本。通过构建宏转录组文库、富集病毒序列、过滤覆盖度低于85%的样本,共获得102条高质量的新冠病毒基因组序列。其中武汉输入20,武汉相关本地病例43,境外输入39。平均深度为8872X。病毒在测序数据中的占比为40.2%。

通过对病毒的分析,发现这些序列中共在221个SNP位点上有492个变异。和Wuhan-Hu-1(NC_045512.2)的比较则发现了2669个SNP位点上的2752个变异。并且这些变异中,有17个是在全世界范围内都属于较高频率的,利用这17个变异,可以将这102条病毒序列划分为7个类群。

在疫情初始,北京本地的毒株主要为C1和C2群。随着境外输入成为北京新增确诊病例的主要源头,确诊病例的感染毒株也变成C3-C7类群。两个阶段流行毒株的不同也代表了北京疫情的两个阶段:第一阶段主要是武汉来京人员引发,病毒序列高度相似;第二阶段由入境人员引发,病毒序列多样性较高。且第二阶段也能检测到C1和C2类群的病毒,表明在中国境外,这两类群的病毒仍在流行。

图一 北京检测病例的病毒来源

通过对病毒突变导致的氨基酸变化的研究,北京本地流行毒株主要包含2个明显的变异(C8782T和T28144C),境外输入主要包括4个明显变异(C241T,C3037T,C14408T和A23403G)。同时,境外输入的毒株中还有一个显著的三核苷酸变异(28881-28883)。并且,在3个毒株基因组中分别发现了3个比较大的片段缺失。这些突变研究证明了新冠病毒的高变异度和对变异的高度耐受。

图二 三个大的片段缺失情况

产品介绍


自疫情爆发之初,艾吉泰康便积极响应国家号召,快速开展了新型冠状病毒杂交捕获测序检测相关产品的研发工作,除新型冠状病毒检测定制产品外,标准试剂盒也同期投入使用。


▍新型冠状病毒杂交捕获测序检测试剂盒
采用TargetSeq®液相探针杂交捕获和高通量测序技术,针对目前所有可获取的β冠状病毒全基因组序列进行探针设计,包含 SARS-CoV-2 的 32 条全基因组序列、其他β冠状病毒属毒株的 1122 条序列。可用于该病毒的检测、变异鉴定、毒株分型、进化关系判断等。


▍产品优势
检测范围广:全面的β冠状病毒基因组序列的覆盖,包括引起人感染的三种冠状病毒(SARS-CoV-2、SARS、MERS),并额外增加同属的其他各种冠状病毒。

可检测β冠状病毒全属序列变异:针对β冠状病毒属设计,结合生物信息学分析,可以准确对病毒进行分型,有助于宿主溯源和病毒序列变异监测。

低丰度样本检测:对于病毒含量较少的样本(CT值大于24.5),可以显著减少测序数据量,避免宏基因组需要较大的测序量才能达到测序饱和的状态的问题。

只需提取总RNA:不需要分离病毒后提取核酸,不需要用特异性逆转录引物。

 

论文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-020-19345-0

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