病毒溯源！破解 [新发地] 疫情之谜

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发布时间：2020-10-29
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2020年6月11日，新发地新冠病毒感染患者的出现打破了北京连续56天无新增病例的记录。随后的核酸筛查共发现368名阳性感染者，这些感染者均与新发地市场有直接或者间接关联。虽然疫情很快得到有效的控制，但是对于新发地病毒的来源一直未有定论。
10月23日，清华大学、北京市疾病预防控制中心、中国医学科学院病原生物学研究所、北京大学、中国科学院北京基因组研究所联合在《国家科学评论》发文，通过分析相关病例、环境与食品等样品的核酸测序和病毒基因组序列，结合全面的流行病学调查和大数据分析，研究人员揭示，该疫情中病毒源头极有可能是境外疫情高发区的冷链进口食品，并提出，冷链运输或为新冠病毒传播新途径。

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流行病学调查结果初步确认新发地市场水产区S14摊位极可能是感染的源头：该摊位7位工作人员均为新冠确诊病例，且症状出现时间相对较早，此外5位到访过该摊位的顾客新冠抗体检测呈阳性，而所有确诊阳性病例中未发现独立于新发地市场的早期传播链或独立传播链，提示新发地市场是此次疫情暴发的单一源头，且疫情是由新发地市场向外传播的。

新发地综合交易大厅负一层感染工作人员分布图
为进一步研究疫情的起源，研究人员对110个病例及环境样本进行了高通量测序，共获得72个高质量的SARS-CoV-2基因组序列。分析发现所有基因组序列都有8个特征性突变位点，这些位点在我国之前本土和输入性病例中从未发现过，且其中7个突变位点只存在于欧洲，揭示了该次疫情确为单一性的境外输入。而S14摊位唯一的境外商品为冰鲜三文鱼，后续对三文鱼供应商的冷库进行采样检测，发现了5份阳性样本，其中1份与本次疫情中人和环境样本的病毒高度同源，提示境外冷链食品运输可能是新冠病毒传播的重要途径。

新发地疫情病例和环境样本-病毒基因组序列分析图
高质量病毒基因组序列特征分析与流行病学调查结果表明本次新发地市场聚集性疫情病毒的来源极有可能为境外疫情高发区的冷链进口食品，为优化疫情常态化防控策略提供了重要的依据。

清华大学王建斌课题组与北京大学的黄岩谊课题组为本次疫情关键样本的病毒测序提供了技术基础和实验支持。课题组基于SHERRY、MINERVA方法，并结合新冠病毒全基因组靶向富集技术对110个样本进行高通量测序，实现了对新冠病毒全基因组序列的获取。其中新冠病毒全基因组的靶向富集使用了艾吉泰康®的新型冠状病毒检测定制产品，该产品能够针对新冠病毒进行全基因组测序，无需分离病毒，相较宏基因组测序极大减少了测序数据量，检测病毒灵敏度更高，为全球的疫情防控贡献中国力量。

产品介绍

自疫情爆发之初，艾吉泰康便积极响应国家号召，快速开展了新型冠状病毒杂交捕获测序检测相关产品的研发工作，除新型冠状病毒检测定制产品外，标准试剂盒也同期投入使用。

▍新型冠状病毒杂交捕获测序检测试剂盒
采用TargetSeq®液相探针杂交捕获和高通量测序技术，针对目前所有可获取的β冠状病毒全基因组序列进行探针设计，包含 SARS-CoV-2 的 32 条全基因组序列、其他β冠状病毒属毒株的 1122 条序列。可用于该病毒的检测、变异鉴定、毒株分型、进化关系判断等。

▍产品优势
检测范围广：全面的β冠状病毒基因组序列的覆盖，包括引起人感染的三种冠状病毒（SARS-CoV-2、SARS、MERS），并额外增加同属的其他各种冠状病毒。

可检测β冠状病毒全属序列变异：针对β冠状病毒属设计，结合生物信息学分析，可以准确对病毒进行分型，有助于宿主溯源和病毒序列变异监测。

低丰度样本检测：对于病毒含量较少的样本（CT值大于24.5），可以显著减少测序数据量，避免宏基因组需要较大的测序量才能达到测序饱和的状态的问题。

只需提取总RNA：不需要分离病毒后提取核酸，不需要用特异性逆转录引物。