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CRISPR脱靶验证

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CRSIPR/Cas9(clustered regularly interspaced palindromic repeat)基因编辑技术是一种利用向导RNA(guide RNA, gRNA)引导Cas9蛋白对目标核酸序列进行识别和切割的一种基因组定点编辑技术,已经广泛应用于生命科学的各个领域。在使用CRSIPR/Cas9技术对目标序列进行编辑时,往往还会对目标序列高度相似的位点进行编辑,产生脱靶效应,引发其他多个基因被编辑的潜在风险。因此,当采用CRSIPR/Cas9技术进行重要应用时,例如用编辑后的T细胞进行癌症免疫治疗应用,均需要对潜在的脱靶位点进行检测,评估脱靶位点带来的风险。
 艾吉泰康经过多年技术攻关,成功建立起一种应用于CRSIPR/Cas9脱靶位点检测的多重PCR靶向捕获测序技术,能够对目标编辑位点和数百个预测的脱靶位点同时扩增和富集,得到扩增子文库,经过测序和生信分析,定量分析出目标位点与脱靶位点的碱基序列和编辑频率,检出突变频率的灵敏度为1%。

产品应用


肿瘤分子靶向药物脱靶验证
肿瘤免疫治疗靶区筛选
植物基因编辑育种脱靶验证

截止到2021年12月,艾吉泰康与国内多家科研院所和公司合作,共计开发近10款应用于CRSIPR/Cas9脱靶位点检测的多重PCR靶向捕获测序试剂盒,检测结果均取得了客户满意的效果。部分试剂盒的数据指标如表2所示,覆盖率和均一性指标均达到行业领先水平。

表2  4款CRSIPR/Cas9脱靶位点多重PCR靶向捕获测序试剂盒的性能指标
Panel名称 物种 重数 gDNA起始量(ng) 平均测序深度(X) 1X覆盖率(%) 对比率(%) 捕获率(%) 均一性(%)
C01 161 40 2507.64 99.73 96.39 80.21 97.10
C02 71 40 2137.61 100.00 79.77 89.64 100.00
C03 215 40 2229.35 99.84 96.12 52.37 98.05
C04 95 40 3756.58 100.00 84.76 43.94 96.90
备注:Cas9脱靶验证部分Panel的捕获率较低,主要原因是脱靶区域位于内含子上,易出现非特异性扩增。

 

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