技术介绍

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CRSIPR/Cas9脱靶位点多重扩增子靶向捕获测序检测方案是应用于CRSIPR/Cas9脱靶位点检测的客户定制产品，使用多重PCR反应，同时对CRSIPR/Cas9编辑的目标位点与预测的脱靶位点进行扩增与富集，得到扩增子文库，经过测序和生信分析，定量分析出目标编辑位点与脱靶位点的碱基序列和编辑频率，检出突变频率的灵敏度为1%(图1)。

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图1 多重PCR靶向捕获测序技术进行CRSIPR/Cas9脱靶位点检测的流程图

特点与优势

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● 脱靶位点检测个数：1000个以下	● 扩增产物长度：160-260bp
● 检测样本类型：细胞提取的gDNA等	● gDNA起始量：1-100ng，推荐40ng
● 文库构建周期和通量：人工构建：96个样本/6.5h/单人	● 检测突变灵敏度：检测突变频率的灵敏度为1%
● 测序平台和读长：illumina测序平台，测序读长选择PE150；　　　　　　　　　MGI测序平台，测序读长选择PE150	● 试剂盒性能指标：目标位点覆盖率高于99%；　　　　　　　　　20%平均测序深度的覆盖率(均一性)高于96%
● 定制试剂盒开发周期：25个工作日

应用领域

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截止到2021年12月，艾吉泰康与国内多家科研院所和公司合作，共计开发近10款应用于CRSIPR/Cas9脱靶位点检测的多重PCR靶向捕获测序试剂盒，检测结果均取得了客户满意的效果。部分试剂盒的数据指标如表1所示，覆盖率和均一性指标均达到行业领先水平。

表1 4款CRSIPR/Cas9脱靶位点多重扩增子靶向捕获测序试剂盒的性能指标

Panel 名称	物种	重数	gDNA起始量(ng)	平均测序深度(X)	1X 覆盖率(%)	比对率(%)	捕获率(%)	均一性(%)
C01	人	161	40	2507.64	99.73	96.39	80.21	97.10
C02	人	71	40	2137.61	100.00	79.77	89.64	100.00
C03	人	215	40	2229.35	99.84	96.12	52.37	98.05
C04	人	95	40	3756.58	100.00	84.76	43.94	96.90