多重PCR捕获测序解决方案MultipSeq®

超高多重引物 设计合成与优化, 21 个工作日, 5000× 以上深度

技术简介

MultipSeq®多重PCR靶向捕获测序是iGeneTech™自主研发的一种针对临床级确定基因热点的超速检测模式,即在保证扩增均一性的前提下 ,对SNP, Indel等几千甚至上万个位点进行快速靶向线性扩增后,使用主流的测序平台(illumina、Life Technology等)进行大批量样本平行检测与深度分析的整体解决方案。 iGeneTech™同时推出了完全开放型的自动设计平台与指导式的标准生产流程, 可以为客户提供完全定制化的多参数引物设计服务,极大地提高了捕获优化效率并降低漏检率,同时无需进行繁冗的文库构建, 5个工作日即可完成整个流程,使二代测序检测技术进入超快速精准医学时代。

技术优势

按特异需求个性化定制Panel,支持多个物种上千任意位点的设计; 流程化的全自动引物设计方案,从输入到输出只需要一步;

自主研发的多重PCR技术MultipSeq®, 结合热力学参数进行全基因组水平的特异性引物设计;

自主设计的多重PCR引物质量分析平台PrimerQC™, 多角度评估引物质量,以确保引物高效率、特异性的结合到目的基因片段上;

引物特异性更高,5000X以上的测序深度,平均覆盖度达99%;

10ng的起始量,使得少量的石蜡切片即可进行检测, 可检测到外周血中频率极低的ctDNA中肿瘤细胞的含量,使后期的早期筛查与实时监测成为了可能。

iGeneTech™采用pooling策略设计PCR引物以达到最高覆盖率
iGeneTech™多重PCR捕获测序覆盖均一度重复性

应用领域

科研
科研: 研究特定疾病发生的遗传变异,如肿瘤、个体化用药、药物代谢基因检测等。
临床
临床:用于肿瘤易感基因检测、低频肿瘤游离DNA监测等。
健康
健康:用于肿瘤风险评估,家族遗传咨询指导、生活方式指导等相关的大众消费基因检测。
农业
农业:用于品系鉴定、GWAS分析、优势性状筛选等。

服务流程

平台介绍

实验技术平台 实验技术简介
引物设计与评估 MultipSeq®、PrimerQC™ 我公司拥有世界领先的PCR 引物设计及优化团队,有自主开发的在线超高多重PCR引物设计平台MultipSeq® 及引物评估系统PrimerQC™,全基因组水平分析设计引物特异性, 设计引物结果避免产生二聚体、发卡结构、非特异扩增等情况 。 目前平台可在线设计并调整参数,可更加自由、便捷、快速的在云端实现PCR 引物设计。
测序平台 Illumina HiSeq系列,XTen HiSeq系列是Illumina公司使用最新推出的高通量测序仪, 这款新一代的测序系统将让研究人员和临床医生能够在大约24小时内完成整个基因组的仪器, 该测序平台具有无与伦比的速度和通量、前所未有的灵活性、卓越的数据质量、最广泛的应用范围。 是目前科研与临床应用的首选测序平台。而XTen测序系统包括10台HiSeq X 测序仪,更适合群体规模的测序项目。
分析平台 软件:Cutadapt, FastQC, BWA, Samtools, Picard, GATK, ANNOVAR... 数据分析流程部署在云端,实现全自动化数据分析、报告生成与存储管理。
数据库:RefGene, 1000Genome, ESP6500, dbSNP, OMIM...

案例介绍

研究目的:利用多重靶向捕获测序研究肿瘤患者血浆ctDNA中的突变。

研究方法:针对肿瘤相关基因设计引物,包括P53,EGFR,BRAF,和KRAS等,利用Tam-Seq(tagged-amplicon deep sequecing)测序,对肿瘤患者血浆进行多重靶向捕获测序,研究相关基因在不同时期的突变。

部分结论:在对38例高水平ctDNA患者血浆的分析中发现,TP53的等位基因突变频率为2%-65%。从一个患者的血浆样本中,还发现了一个EGFR的新生突变,这在15个月前对肿块本身中并未发现, 其中2例卵巢癌和1例乳腺癌患者不同时间点血浆样本的ctDNA测序结果显示,追踪检测到了多达10个相似突变。研究者表示等位基因的突变水平反映疾病及其治疗的临床过程,疾病稳定与低等位基因突变频率相关。而疾病复发表现出突变频率上升。

样品要求

样品类型 样品规格 样品采集/运输
DNA(新鲜/冰冻样品) >1.0μg,浓度>20ng/μl 干冰运输
血液(全血) >1ml EDTA抗凝,2-8 °C冷藏运输
新鲜组织 >500mg 低于-20 °C(干冰)冷冻运输
唾液 >1ml 唾液保存液混合可室温运输,直接收集唾液需冷冻运输
CtDNA >1ml 要求血浆,干冰运输
DNA(取自FFPE) >1.5μ,浓度>20ng/μl 干冰运输
细胞 >8×10 6 去除培养液,PBS清洗1次后液氮速冻,干冰运输
石蜡切片 >5片 10×10mm面积,常温运输,穿刺组织>10片
石蜡包埋块 >1块 不小于1×1×1mm常温运输
单细胞 >8×106 液氮速冻,干冰运输